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今(2019)年公費流感疫苗首度由三價升級為四價疫苗，但因世界衛生組織(WHO)延遲選株造成較去年延後一個月開打，坊間流傳延後開打是因為公費疫苗由三價升級四價，或是全球流感疫苗缺貨所造成，且擔憂延後開打可能影響冬季流感防疫。
針對以上說法，疾病管制署澄清，延後開打是因為世衛組織為了提升預測，今年遲至3月底才公布本年度流感季北半球流感疫苗選株結果，較往年晚了一個月，世衛組織此決定導致全球流感疫苗製造生產及供應時程因此延後，並連帶影響我國公費流感疫苗開打期程延後，但尚未有全球疫苗缺貨情形，也不是三價升級四價造成延後開打。目前夏季流感持續，推估將導致冬季流感疫情比往年更延後開始，符合公費接種條件之民眾只要按接種時程儘速完成疫苗接種，即可於農曆春節前後之流感高峰期前獲得足夠保護力，不致於影響冬季流感防疫；也鼓勵未具公費接種資格之民眾，可自費接種一劑流感疫苗，保護自己及家人，提升群體保護力。
疾管署表示，今年仍將提供600萬劑公費流感疫苗，並全面升級四價(包含H1N1、H3N2、B型山形株、B型維多利亞株)，提供更完善的疫苗保護力，民眾健康更有保障。疾管署目前公費流感疫苗規劃分批接種，11月15日起為國小至高中學生及醫事人員；12月8日起為65歲以上長者及學齡前幼兒；109年1月1日起為其他公費對象。