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內疫情二級警戒延至9月20日，醫療院所防疫負荷仍重，尤其是承接COVID-19病人之重度及中重度急救責任醫院，其暫停部分手術及檢查，致營運受嚴重影響。為讓醫院無後顧之憂全力抗疫，健保署就醫療費用採彈性財務分配機制，提供適時現金挹注，以協助院所度過這段艱苦時期。
健保署署長李伯璋表示，今年5月宣布分三階段挹注健保現金費用，5到6月按照108年同期醫院總額費用的8成一次給付，6月已撥付225家醫院達453億元； 7到8月預撥費用比率更提高至109年同期9成，並於9月9日已預撥184家醫院醫療費用367億元入醫院帳戶；自即日起，也開始啟動9月費用提前撥付，皆讓醫院較往常更快取得暫付的醫療費用。
健保署本次採彈性財務分配之預撥醫療費用機制，係以醫院協會提出的總額分配方式為基礎，保障醫院110年第三季收入達109年同期一般服務收入之9成，並以109年同期為上限，餘款再由各分區共管會議依據當地醫療狀況予以分配，這個結算方式由醫院各層級凝聚共識所提出的醫院互助及共體時艱模式。
依據健保法規定，健保會每年協議訂定醫療給付費用總額及其分配方式，而對於細部分配實務執行，則由健保署遴聘付費者代表、醫界代表及專家學者，研商及推動總額支付制度，此措施於民國92年SARS疫情亦有執行前例。在特殊疫情考量下，總額支付制度予以一定程度之彈性調整，新的結算方式亦在法令規範下執行。
於疫情期間，健保署也協助衛生福利部各司署儘速撥付防疫獎勵金及新冠疫苗接種處置費用及獎勵費，讓醫療院所除健保費用收入外，儘速取得防疫相關費用，110年5月迄9月16日止，健保署協助撥付費用達39.89億元，其中包含協助疾病管制署撥付新冠疫苗接種處置費用及獎勵費用約14億元，維持醫療院所營運現金流。
健保署在「健保醫院總額」制度下，透過上述財務調控措施支持辛苦的醫界，這作法是架構在原來健保給付醫療費用框架，行政效能自然提升，讓所有醫院皆能獲得足夠的財務保障。